Prime missioni

Seguentemente Kabuto affinò ulteriormente le sue capacità creando un'altra tecnica , fondendo il suo elemento con la sua abilità innata e sostenne un'altra missione con il team del capitano Keidan . Questa volta il ragazzo passò attraverso la traumatica esperienza di vivere con un po di tempo con due gemelli che dovette presto abbandonare e , durante la suddetta missione , lui e gli altri conobbero una ragazza di nome Morgana . Dopo lui e i suoi due amici sostennero l'esame per diventare chunin , a Suna , sotto la supervisione di un'altra jonin di Oto : durante il viaggio per suna il gruppo salvò nuovamente Morgana , solo per scoprire che il lavoro fatto nella precedente missione era stato del tutto inutile . Kabuto divenne chunin insieme ai suoi due amici e affrontarono alcune esperienze da soli , finchè durante una missione in team il gruppo non fu costretto a separarsi ed il ragazzo entrò per sbaglio in una rete di tunnel : qui affrontò degli strani mostri che riuscì a battere per un soffio . Tutte queste esperienze l'avevano reso notevolmente più forte e , ansioso di apprendere nuovi jutsu , conobbe un ex allievo del padre , un certo Kogami . Questo ninja insegnò al ragazzo il Rasengan e lo introdusse ad uno squarcio di passato dei suoi genitori . Seguentemente il giovane shinobi affrontò una missione in cui era coinvolta una kunoichi di Kiri , a causa della scomparsa di alcuni rotoli dal suo villaggio . Si scoprì alla fine che era coinvolto Moria , il mukenin che aveva incontrato tempo prima : questa volta però lo scontro volse totalmente a favore dello shinobi dagli occhi di serpente , il quale assicurò il criminale alla giustizia del villaggio

Passaggio a Special jonin

Kabuto ed il resto della sua squadra compresero che il loro ruolo doveva cambiare e che avevano bisogno di migliorarsi ulteriormente , così tutti e tre intrapresero l'addestramento per divenire Special Jonin . Kabuto fu consigliato dal suo maestro , il quale lo guidò da un suo amico , il Jonin Sannyuu . La nuova conoscenza si dimostrò alquanto particolare , eppure molto cara al protagonista . Superato l'addestramento , il ragazzo creò una nuova tecnica e affrontò varie missioni . In una si ritrovò a combattere con un mukenin di konoha , abbattendolo e restituendolo al suo villaggio . Altre cose importanti gli accaddero , come venir rapito da un'organizzazione criminale che organizzava un macabro torneo , e lì incontrò lo shinobi di Konoha Aoi Uchiha , con il quale strinse una sorta di rispettosa amicizia . Kabuto ebbe anche modo di reincontrare Morgana , solo per doverla di nuovo salvare , con l'aiuto di un misterioso ninja girovago , da dei criminali. In seguito lo stesso girovago si professò come una persona interessata a dei siti archeologici presenti in zona, convincendo Kabuto a scortarlo per il territorio: poco dopo si rivelerà essere anche lui un criminale e attaccherà Kabuto, perdendo però lo scontro e fuggendo, lasciando al giovane di Oto il misterioso rotolo che aveva cercato di prendere. Di lì in poi Kabuto avrà modo di avere a che fare di nuovo con Konoha, affrontando e catturando un sanguinario Mukenin. Seguentemente il ragazzo verrà brutalmente sconfitto da un sedicente membro di Akatsuki, ricevendo poi in cambio della sua vita una proposta talmente assurda che tutt'ora non ne ha fatto parola con nessuno
A seguito dell'incontro precedente con il criminale di nome Karui, a Kabuto verrà poi affidata una squadra con la quale svolgerà una prima missione al villaggio della cascata, dove non troveranno il criminale ma riusciranno a sventare un colpo di stato. In seguito, per puro caso, Kabuto e due membri del suo nuovo team incontreranno Karui e lo affronteranno, scoprendo con sorpresa che la potenza del criminale è ampiamente aumentata. Si susseguiranno vari scontri, e alla fine Karui scapperà di nuovo, non prima però di venir messo nuovamente alle strette, perdendo inoltre un misterioso rotolo